روش عرفانى آيت‌اللَّه سيّدعلىآقا قاضى در رساله « لُبّ الُلّباب در سير و سلوك اولى الالباب » در مورد رويه عرفانى سيدعلىآقا قاضى مىنويسد : « رويه مرحوم استاد قاضى طبق همان رويه استاد بزرگش مرحوم آخوند ملاحسينقلى همدانى مىباشد كه عبارت از راه معرفت نفس صورت مىپذيريد . او براى وصول به معرفت نفس ، نفى خواطر را دستور مىدهد . بدين طريق كه سالك براى نفى خاطر و اندوخته‌هاى ذهنى ، بايد مقدار نيم ساعت يا بيشتر در هر شبانه روز معين و در آن وقت توّجه به نفس خود نمايد . در اثر اين توجّه رفته رفته تقويت پيدا نموده و خاطر از او نفى خواهد شد ، و به تدريج معرفت نفس براى او حاصل شده و به سر منزل مقصود خواهد رسيد و بالاخره سلطان معرفت براى آنان طلوع مىنمايد و شيوه آن دو راه است : 1 - تلاوت قرآن مجيد و التفات به معانى آن 2 - توسّل به حضرت‌ابىعبدالله الحسين ( ع ) براى رفع حجاب و برداشته شدن موانع نسبت به سالكين راه » . « 1 » سلسله مشايخ آيت الله حسن‌زاده آملى در رابطه با سلسه مشايخ مرحوم قاضى مىگويد : « در سنه هزار و سيصد و چهل و پنج هجرى شمسى ، آيت الله سيد محمدحسن الهى قاضى طباطبائى ( برادر مكرّم استاد علامه طباطبائى ) رفع‌الله درجاته المتعاليه ، كه در حوزه علميه قم براى افاده و افاضه رحل اقامت افكنده بودند ، و اين كمترين از محضر انورش بهره‌مند بود . در روز پنجشنبه چهارم ذى الحجه 1386 ه . ق / 25 / 12 / 1345 ه . ش ) در معيت آن جناب در گورستان « شيخان قم » سخن از سلسله مشايخ سير و سلوك عرفان عملى معظم له و حضرت استاد علامه طباطبائى به ميان آمد ، فرمودند : « استاد ما مرحوم قاضى ( رضوان الله تعالىعليه ) - مقصود آيت الله حاج‌سيدعلى قاضى طباطبائى قدس الشريف - و استاد او حاج سيد احمد كربلائى و استاد ايشان مرحوم آخوندملاحسينقلى همدانى و استاد ايشان مرحوم

--> ( 1 ) - - رساله لُبّ اللّبُاب در سير و سلوك اولى الالباب ، آيت اللَّه سيد محمدحسين حسينى تهرانى ، ص 148 . .